Risorse su Systems Biology

Già da qualche tempo, ormai, anche grazie al sapiente consiglio del mio amico Domenico, mi sono accostato al magnifico mondo della Systems Biology. Non ho mai pensato a questi studi come ad un cambiamento di rotta, bensì, come ad un modo molto più "smart" di approcciarsi al problema dell'indagine e l'interpretazione di dinamiche complesse come quelle che danno luogo alle patologie per cui non esistono ancora piani di trattamento definitivi.
Sto leggendo da qualche settimana il libro di Palsson "Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks" e devo dire che mi sta piacendo molto (se non fosse per le tonnellate di nozioni di biochimica che ogni volta devo andare a rivedere!).
Tuttavia, proprio oggi, alla ricerca di nuovo materiale sulle reaction chains ho trovato alcuni link che sto trovando molto utili e che spero possano essere utili anche ai miei lettori!
Ve li riporto di seguito:

WTEC Study on International Research and Development of Systems Biology

Feedback dynamics and cell function - Why systems biology is called Systems Biology

Systems Biology: A Brief Overview

Can a Biologist Fix a Radio? — or, What I Learned while Studying Apoptosis

BOOK - Olaf Wolkenhauer - Systems Biology: Dynamic Pathway Modelling

Bioengineering and Systems Biology

Analyzing the Biology on the System Level - wei tong

Wolkenhauer-Kitano An Introduction to Systems Biology

A reductionist’s systems biology

Biological Networks- The Tinkerer as an Engineer

Simplicity in Cell Biology

Design Principles of Protein Networks

A systems- and signal-oriented approach to intracellular dynamics

An assessment of systems biology - IBM

Analysis and modelling of signal transduction pathways in systems biology

Computational Challenges of Systems Biology

From molecular to modular cell biology

Fundamental issues in Systems Biology - BioEssays

Modularity and Dynamics of Cellular Networks

Molecular Systems Biology and Dynamics - An Introduction for non biologists

Molecular systems biology at the crossroads - to know less about more, or to know more about less

Network Dynamics and Cell Physiology

Network thinking in ecology and evolution

On the complete determination of biological systems

Robustness - A Key to Evolutionary Design

Schrodinger's Legacy - Systems and Life

Some new directions in control theory inspired by systems biology

Synthesis and Analysis of a Biological System - Tokyo Univ

Systems approaches to understanding cell signaling and gene regulation

Systems Biology - An Interdisciplinary Approach to Solve Complex Bio-Puzzles

Systems Biology - beyond the buzz

Systems Biology - from physiology to gene regulation

Systems Biology - The Big Picture

Systems biology - will it work?

Systems Biology Is Taking Off

Systems biology may work when we learn to understand the parts in terms of the whole

Systems Biology, Integrative Biology, Predictive Biology

The Dynamic Systems Approach to Control and Regulation of IntraCellular Networks

The frontiers and challenges of biodynamics research

The intricate side of systems biology

The long journey to a Systems Biology of neuronal function

The meaning of systems biology

The nature of systems biology

Systems biology: The reincarnation of systems theory applied in biology

The Role of Control and Systems Theory in Systems Biology

Toward Computational Systems Biology

Kitano - Computational systems biology

Biological Robustness

Biological code breaking in the 21st century

Biological context networks - a mosaic view of the interactome

Cell-free synthetic biology - a bottom-up approach to discovery by design

Circuit diagrams for biological networks

Dry work in a wet world - computation in systems biology

Engineering novel life

From systems biology to synthetic biology

Global systems biology, personalized medicine and molecular epidemiology

Integrating scientific cultures

Integrative biology and systems biology

Is there biological research beyond Systems Biology?

Modularizing gene regulation

Physics takes another stab at biological design principles

Synthetic biology - new engineering rules for an emerging discipline

Systemic determinants of gene evolution and function

The gene and the genon concept - a functional and information-theoretic analysis

The intelligent design of evolution

The Personal Genome Project

Top-down versus bottom-up—rediscovering physiology via systems biology

Towards synthesis of a minimal cell

Back to the biology in systems biology: What can we learn from biomolecular networks?

Cell signaling pathways as control modules - Complexity for simplicity

Computational Systems Biology (CSB) - Its future in Europe

Emergent Properties of Networks of Biological Signaling Pathways

Genomes, phylogeny, and evolutionary systems biology

Motifs, Control, and Stability

Multiscale biosystems integration

Reverse Engineering of Biological Complexity

The Complexity of Simplicity

The minimal genome concept

Understanding biology by reverse engineering the control

Life as Complex Systems - Viewpoint from Intra-Inter Dynamics

Feedback control theory and the challenges of postgenomic molecular biology

Molti hanno un'impronta estremamente ingegneristica (mi scuso sin da ora con coloro che troveranno questi articoli troppo tecnici) e devo dire che ho l'impressione che questa è la prima volta che sento di poter dare un contributo unico alla ricerca in questo campo.
Spero di poter approfondire questo concetto tra qualche settimana, quando avrò finito di leggere il libro!

Linux e la ricerca...quale distro? - Parte 2

Discutevo, qualche giorno fa, della possibilità di utilizzare distro linux già pronte con i tool tipici della bioinformatica. Oggi leggo questo post su bioinformaticsonline.co.uk:

Log into your system and open up a terminal, then follow these steps…

> sudo gedit /etc/apt/sources.list

Add the following lines to the end of the file:

#Bio-Linux package repository deb http://envgen.nox.ac.uk/bio-linux/ unstable bio-linux

Save and close the file, now back at the terminal type the following…

> sudo apt-get update
> sudo apt-get install bio-linux-base-directories

Next step is to set-up your environment for Bio-Linux...

> sudo gedit /etc/bash.bashrc

Add the following lines to the end of the file:

# Set up Bio-Linux Environment
source /usr/local/bioinf/config_files/aliasrc
source /usr/local/bioinf/config_files/bioenvrc

Save and close the file.

Now the final stage is to edit the two files we have just referenced.

> sudo gedit /usr/local/bioinf/config_files/aliasrc

In the aliasrc file change any reference to java to the full path for your Java install, (you will need Sun’s Java development kit installed for things to work properly), and comment out (using the # symbol), the lines refering to ‘maxd’ if you do not want to have to install it. Save and close the file when you’re finished.

> sudo gedit /usr/local/bioinf/config_files/bioenvrc

In the bioenvrc file, comment out the lines referring to the Staden package if you do not want to have to install it.

Now just log out of your current user session (or reboot) and all of the Bio-Linux packages will now be waiting for you ready to be installed via synaptic or the command-line!

Non l'ho ancora provato (anche perchè dopo mesi di onorato servizio la mia feisty fawn ha deciso di abbandonarmi...va bene, è stata mia la scelta di sopprimerla ma l'ho fatto unicamente per evitarle altre sofferenze! :-D), però devo dire che l'idea mi intriga molto!

Matlab R2007b: ecco il nuovo Bioinformatics Toobox 3.0!

Già da qualche giorno, ormai, è Mathworks ha presentato il nuovo Matlab R2007b. Si tratta della più recente versione di uno degli applicativi più usati in ambito ingengeristico ed in grado di farsi spazio anche in campi non propriamente d'elezione come la bioinformatica e la systems biology.


Nella nuova release sono state aggiunte nuove funzioni accompagnate da nuove demo molto significative, come quella sull'acquisizione e processing dei dati da aCGH (e finalmente direi!).


Mi sono messo a smanettare già l'altra sera e, finora, non mi sembra ci siano altre differenze eclatanti rispetto alla R2007a. Tuttavia, visti i trend delle ultime versioni forse è il caso di accontentarsi!
Adesso attendiamo con trepidazione venerdì prossimo, quando dovrebbe essere rilasciato uno dei competitors più importanti del settore: Bioconductor 2.1!

BioSysBio 2008 Announced!

Il prossimo BioSysBio, insieme al YBF (Young Bioinformaticians Forum) si terrà il prossimo 22 Aprile allo University College di Londra. Ci si può iscrivere alla mailing list mandando un messaggio a subscribe #at# biosysbio.com.
Subito a lavoro sugli abstract! Buon lavoro a tutti!

BioSysBio 2008

Linux e la ricerca...quale distro?

Qualche giorno fa ho provato ad installare alcuni degli applicativi che uso più frequentemente (R, MikTex etc) sulla mia feisty fawn casalinga (ovvero non a lavoro ... sarei ancora nominalmente in ferie :D). Ho spostato il puntatore verso synaptic e, preso da una pigrizia di quelle che capitano solo a tre giorni dalla ripresa, mi son detto: "Ma possibile che non ci sia una distribuzione con R e BioC inclusi?". Il fidato box di ricerca "G" della volpe ha fatto il resto e mi ha fatto scoprire un paio di distro davvero interessanti (leggi: "adatte al pigro più pigro che è in te!").
La prima è "Scientific Linux", nome indecifrabile per una distro firmata CERN di Gineva + Fermi Lab...ho detto tutto, anzi no: è possibile anche scaricare la versione live come per ogni distribuzione che si rispetti!
La seconda, forse ancora più adatta a chi vuole tutto e subito, anche da una live, si chiama Quantian ed è zeppa di pacchetti davvero indispensabili, tutto, ovviamente, anche live! In questa distribuzione sono presenti, oltre ad R/BioC e Lyx, anche Ostave e SciLab, due MATLAB in versione free, un gran numero di utility per la visualizzazione dei dati (gnuplot compreso), vari tool come Clustalw, Blast e, soprattutto, openMosix (che sta per chiudere :( ) la kernel patch che consente di ottenere configurazioni cluster in pochi passaggi (Knoppix, su cui Quantian si basa, integra nativamente clusterKnoppix). Davvero eccellente!
Le sto provando entrambe ma per ora Quantian sembra essere la migliore...vorrei soltanto capire perchè l'ultima release risale a più di un anno fa! :|

Creare un package in R: la guida aggiornata!

Qualche giorno fa ho avuto la necessità di creare un package per R. Avevo bisogno, in particolare, di riprendere alcune funzioni di Biobase e cluster di Bioconductor per ricompilare i pacchetti clusterv e mosclust sviluppati dal Prof. Valentini dell'Università di Milano.
Non avevo mai assemblato un pacchetto da zero sino a quel momento e devo dire che reperire informazioni su come farlo non è stato molto difficile. Nel deposito ufficiale del CRAN è infatti reperibile il file Frascati-Rpackages.pdf che ho provveduto a portare sul server locale in modo che rimanga permanentemente disponibile. Nel file viene spiegato passo passo come creare un package per R da zero...l'unico problemino è che è rimasto alla versione 2.3.1 (sono attualmente disponibili le versioni 2.5.1 e 2.6-developer di R). Per questo motivo riporto qui alcune integrazioni ai punti salienti della guida.
In primo luogo è necessario scaricare Rtools pacchetto che provvede ad installare gran parte dei tool necessari alla creazione di pacchetti per (compreso Perl!). Installate il software e poi scaricate il compilatore latex MikTex, il compilatore per pagine di help di Microsoft ed il file Rd.sty.
Installate i programmi e aggiungete R alla variabile di ambiente Path (la trovate nel menù "Variabili di Ambiente" cliccando con il tasto di dx su "Risorse del Computer"-->"Proprietà"-->"Avanzate"). A questo punto, potete continuare a seguire il tutorial di cui parlavo prima dal punto 5 del paragrafo 2.
HTH :-)

Bio++: C++ bioinformatics made easy!

Continua la saga dei linguaggi di programmazione per la bioinformatica e così, dopo Bio-Java, Bio-Python & Co. ecco Bio++, il set di liberie di bioinformatica per C++. A destare il mio interesse, francamente, più che il progetto in sè, è la politica di licensing scelta: CeCill.
Non mi sembra che queste librerie abbiamo funzioni che si distinguono per unicità quindi penso che sia un progetto pensato per coloro che hanno una conoscenza approfondita ma limitata al linguaggio di programmazione C++ e che non hanno tempo/voglia per imparare altri linguaggi di programmazione per i quali già esistono progetti simili.
Link

Nucleic Acid Research: web server issue

E' on line la nuova issue di NAR interamente dedicata ai sistemi web based per la bioinformatica. Questi i paper più interessanti:

-Joanne A. Fox, Scott McMillan, and B. F. Francis Ouellette Conducting Research on the Web: 2007 Update for the Bioinformatics Links Directory [Abstract]

-José M. Fernández, Robert Hoffmann, and Alfonso Valencia iHOP web services [Abstract]

-Ramón Díaz-Uriarte, Andreu Alibés, Edward R. Morrissey, Andrés Cañada, Oscar M. Rueda, and Mariana L. Neves Asterias: integrated analysis of expression and aCGH data using an open-source, web-based, parallelized software suite [Abstract]

-Lucía Conde, David Montaner, Jordi Burguet-Castell, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Fátima Al-Shahrour, and Joaquín Dopazo ISACGH: a web-based environment for the analysis of Array CGH and gene expression which includes functional profiling [Abstract]

-Hubert Rehrauer, Stefan Zoller, and Ralph Schlapbach MAGMA: analysis of two-channel microarrays made easy [Abstract]

-Fátima Al-Shahrour, Pablo Minguez, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Eva Alloza, David Montaner, and Joaquín Dopazo FatiGO +: a functional profiling tool for genomic data. Integration of functional annotation, regulatory motifs and interaction data with microarray experiments [Abstract]

-Nicolas Goffard and Georg Weiller PathExpress: a web-based tool to identify relevant pathways in gene expression data [Abstract]

- Christina Backes, Andreas Keller, Jan Kuentzer, Benny Kneissl, Nicole Comtesse, Yasser A. Elnakady, Rolf Müller, Eckart Meese, and Hans-Peter Lenhof GeneTrail—advanced gene set enrichment analysis [Abstract]

-Jüri Reimand, Meelis Kull, Hedi Peterson, Jaanus Hansen, and Jaak Vilo g:Profiler—a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments [Abstract]

-Swetlana Nikolajewa, Rainer Pudimat, Michael Hiller, Matthias Platzer, and Rolf Backofen BioBayesNet: a web server for feature extraction and Bayesian network modeling of biological sequence data [Abstract]

Data mining contro l'ALS

Girovagando per il web ho trovato questo articolo che ha suscitato il mio interesse:

http://www.medicalnewstoday.com/medicalnews.php?newsid=75539

si tratta di una interessante analisi di come una collaborazione tra UCLA e l'Università di Firenze abbia portato a risultati di rilievo scientifico e soprattutto utili nella lotta contro la sclerosi laterale amiotrofica, una malattia neurodegenerativa con un impatto sociale piuttosto alto. Un altro bell'esempio di come un modelling predittivo intelligente possa essere applicato con successo nella ricerca sulle malattie più difficili da curare.

Il capitolo del libro che non c'è!

Sto cercando ormai da due settimane di sedermi a pensare al capitolo del libro che devo scrivere per questo volume. La deadline si avvicina e siamo ancora in alto mare...bah! Non so se ci riuscirò ma nel caso penso che dopo mi prenderò una bella vancanza visto che lo stress sta raggiungendo soglie mai raggiunte prima!

G-Language: ecco il linguaggio dei bionformatici

E' stato annunciato da poche ore il rilascio di G-Language, il linguaggio di per bioinformatici. Proprio qualche giorno fa discutevamo, sul blog di fuliggians, della necessità per un bioinformatico, di conoscere un linguaggio piuttosto che un altro. Non ho ancora visto all'opera G però devo dire che stuzzica la mia curiosità!

Eventi e lavoro in bioinformatica: ecco le mappe!

Sul sito bionformatics.fr sono stati attivati due servizi che meritano un click. Entrambi basati su google maps riportano il primo i più importanti eventi bioinformatici ed il secondo i job opening nel mondo della bioinformatica. Utile per ricercatori e studenti!

jVONCI: lo sviluppo continua

La prossima settimana rilasceremo la versione 0.12 beta di jVONCI. Questo programma ci sta dando diverse soddisfazioni e penso che riservi ancora qualche bella sorpresa. Nella todo list ora c'è il completamento di alcune funzioni avanzate e la creazione dell'installer, previsti per la versione 0.99.
Eccovi lo splash screen della prossima versione.

Machine Learning in Systems Biology

LOCALE: Evry, France
DATE: 24-25 September 2007

The aim of this workshop is to contribute to the cross-fertilization between the research in machine learning methods and their applications to complex biological and medical questions by bringing together method developers and experimentalists. We encourage submissions bringing forward methods for discovering complex structures (e.g. interaction networks, molecule structures) and methods supporting genome-wide data analysis.

SUBMISSIONS:
We invite to submit an extended abstract of maximum five pages, formatted according to the "Springer Lecture Notes in Computer Science" style. Papers should be submitted online via the Easychair submission system at http://www.easychair.org/MLSB07/. The deadline for submissions is June 30. The accepted submissions will be edited in the proceedings of the workshop.

IMPORTANT DATES:
June 30: deadline for submissions
July 17: response to authors
August 20: camera-ready papers (extended abstracts)
September 24-25: workshop

FOR MORE INFORMATION:
http://mlsb07.ibisc.fr
Email: mlsb07@ibisc.fr

ABREN Workshop 2 June 2007

Bioinformatics is one of the most rapidly growing interdisciplinary fields of science, and expected to make a huge contribution not only to the advancement of basic biological science but also to biotechnology and medicine in the future. However, because of its rapid growth, the developments of infrastructure and education fell behind. Also, this is the field that needs interaction of people with different academic backgrounds and cooperation among them. However, the lack of supporting systems to facilitate such cooperation is one of the factors to hinder the sound development of this field.

The proposed international project is aimed at forming Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) as a forum among Asian countries to facilitate collaborative research and education in bioinformatics. Such collaborative project will promote new fields of research and more comprehensive education, which are difficult to establish in individual institutions. Asia is one of the most rapidly growing regions in the world. Biotechnology and IT are among the most promising areas contributing to the future economy in the region. We hope that ABREN will contribute to the development of Asian economy as well as basic science.

The second virtual training workshop will be open from June 20 to July 20, 2007. The registration will start from May 15, till June 15, 2007.

Link

Foundamentals of Biology Engineering

Ho appena trovato info su questo corso che, non a caso, tengono all'MIT (di recente ritornata alla ribalta della cronaca per uno sconvolgente caso di frode perpretrata dalla selezionatrice del college americano più famoso in campo tecnologico).


http://openwetware.org/wiki/20.109

Davvero straordinario!

E' partito lo sviluppo di jVONCI

Questa mattina mi sono definitivamente convinto che è arrivato il momento di iniziare il porting di Visual OligoNCI in Java. Speriamo che tutto possa procedere al meglio e senza intoppi, rilascio atteso tra qualche settimana!

Bioweka 0.7.0

Bioweka prende spunto dalla piattaforma messa a disposizione dall'università di Waikato (Waikato Environment for Knowledge Acquisition) per proporre una soluzione integrata e piuttosto avanzata per l'analisi dei dati. Ecco una serie di slide su questo interessante progetto!

BRB Array Tool 3.6

E' stata appena rilasciata la versione 3.6 beta di questo ottimo strumento di analisi per array.

http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html

The system architecture has been modified in this version of BRB-Arraytools to handle more than the Excel limit of 65,000 rows. The gene identifier and gene annotation information in now stored binary files.