Filippo's Blog

Il secondo passo ;-)

2009-09-20T05:02:00.002+01:00

Brava, hai superato il primo ostacolo ma ti attendono altre due prove non meno difficili! Quello che vedi qui è il mio blog in italiano...durante la triennale e un pò della specialistica lo usavo come diario personale. Vi appuntavo riflessioni o soltanto pensieri così...alla rinfusa! Questa è una parte importante di me...precedente a quella che hai visto prima ma comunque importante. Prenditi tempo, se vuoi, per leggere qualche post...ma non ti dimenticare che il prossimo cryptex ti aspetta a questo indirizzo!

Il segno dell'incapacità

2008-01-19T10:57:00.001Z

Torno a scrivere su questo blog dopo qualche settimana per riflettere su una notizia letta questa mattina sul Corriere. Eccola.

Italia.it, costoso e... chiuso

Scritto da: Federico Cella alle 19:31

Mi segnala un collega del Corriere del Mezzogiorno che questa mattina è andato in pensione superanticipata il portale Italia.it, inaugurato dal vicepremier Francesco Rutelli poco più di un anno fa e costato la spaventosa cifra di 45 milioni di euro. Per costi elevati e scarsissimi risultati, il ministro per i Beni culturali aveva già annunciato quest'autunno il rischio di fallimento. E ora il rischio è diventato realtà, in silenzio e senza alcuna agenzia stampa a darne notizia. Grazie ai colleghi di Napoli!

L'ennesimo spreco assurdo e spropositato di denaro pubblico che poteva essere destinato ad aiutare qualcuno di quegli italiani che, proprio in questi giorni, apprendiamo non essere in grado di arrivare a fine mese. Ma del resto lo sappiamo, c'est l'Italie...fino a quando qualcuno non ne potrà più davvero.

Il segno dell'inciviltà

2007-10-28T10:59:00.000Z

Ieri ero a casa all'ora di pranzo. Non succede spesso e in quelle rare occasioni sento l'intimo desiderio di godermi la pace del luogo in cui sono cresciuto respingendo tutto ciò che viene dall'esterno. Ieri ero dunque sul punto di spegnere la TV, all'ora di pranzo, quando ad un certo punto, ho sentito qualcosa che mi ha fatto rabbrividire.
Riporto la notizia da Forum Italia News:

Funerali gratis ai donatori d'organi

Per l'assessore regionale alla Sanita' della Regione Campania, Angelo Montemarano, l'iniziativa del sindaco di Nola, Felice Napolitano, che per incentivare la donazione di organi ha previsto funerali e sepoltura gratis per chi faccia questa scelta ''e' apprezzabile e concreta, un segnale molto forte per scuotere le coscienze''. ''E' una novita', un'iniziativa apprezzabile - aggiunge Montemarano - e credo che si muova nella linea di stimolare il concetto di donazione che, seppure aumentato, non e' ancora sufficiente in Campania''. Con questo provvedimento, insomma, si vogliono ''stimolare quanto piu' possibile le coscienze''. In Campania qualcosa si era gia' mosso. Insieme con le campagne di sensibilizzazione, spiega l'assessore, e' stato previsto che agli extracomunitari che facciano la scelta di donare gli organi venga assicurato il trasporto gratuito della salma nel Paese di origine. ''Ma questo - ammette Montemarano - e' proprio una novita'''.

Già da qualche giorno riflettevo sul fatto che in questi ultimi anni ho visto la civiltà svanire come in una sorta di nebbia soffocante. Non ci chiediamo più quali potrebbero essere gli effetti delle nostre azioni, agiamo e basta nella consapevolezza che tanto, chi sbaglia, comunque verrà perdonato (e poco importa che sia un indulto, un condono o il prossimo giubileo).
Non mi interessa entrare nel merito della discussione morale: non sono un buon filosofo, nè mi interessa diventarlo. Vorrei solo riflettere, e che magari qualcuno prendesse spunto dalle mie riflessioni, sul fatto che è quantomeno indegno anche soltanto poter pensare di concepire un'idea come quella dell'illuminatissimo Sindaco di Nola. L'atto di donazione degli organi non dovrebbe scaturire da una materialissima constatazione economica, bensì da un percorso interiore. Ridurre tutto ciò ad un a pratica di tipo utilitaristico è quanto di più distante dalla civiltà possa essere compiuto da chi, della civiltà, è tenuto a reggere il vessillo.
Mi viene in mente solo una parola per tutto ciò: vergogna. Vergogna, per delle persone che hanno perso il senso della vita umana. Vergogna di tutti noi, per appartenere alla loro stessa specie.

Prove tecniche di trasmissione

2007-10-08T20:42:00.000+01:00

Oggi ho finalmente deciso di importare questo blog anche in wordpress. Ho scelto di farlo anche spinto dall'enorme supporto che questa piattaforma sta avendo dalla comunità di sviluppatori...speriamo che vada tutto per il verso giusto (anche se non ho ancora capito: ma come si installano i plugin!?!? Dall'olio, Dario...dove siete!?!? :D )
Credo, in ogni caso, che non abbandonerò questo blog e che lo terrò per le questioni più leggere...e, soprattutto, qui continuerò a scrivere in italiano!

Risorse su Systems Biology

2007-10-07T09:42:00.000+01:00

Già da qualche tempo, ormai, anche grazie al sapiente consiglio del mio amico Domenico, mi sono accostato al magnifico mondo della Systems Biology. Non ho mai pensato a questi studi come ad un cambiamento di rotta, bensì, come ad un modo molto più "smart" di approcciarsi al problema dell'indagine e l'interpretazione di dinamiche complesse come quelle che danno luogo alle patologie per cui non esistono ancora piani di trattamento definitivi.
Sto leggendo da qualche settimana il libro di Palsson "Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks" e devo dire che mi sta piacendo molto (se non fosse per le tonnellate di nozioni di biochimica che ogni volta devo andare a rivedere!).
Tuttavia, proprio oggi, alla ricerca di nuovo materiale sulle reaction chains ho trovato alcuni link che sto trovando molto utili e che spero possano essere utili anche ai miei lettori!
Ve li riporto di seguito:

WTEC Study on International Research and Development of Systems Biology

Feedback dynamics and cell function - Why systems biology is called Systems Biology

Systems Biology: A Brief Overview

Can a Biologist Fix a Radio? — or, What I Learned while Studying Apoptosis

BOOK - Olaf Wolkenhauer - Systems Biology: Dynamic Pathway Modelling

Bioengineering and Systems Biology

Analyzing the Biology on the System Level - wei tong

Wolkenhauer-Kitano An Introduction to Systems Biology

A reductionist’s systems biology

Biological Networks- The Tinkerer as an Engineer

Simplicity in Cell Biology

Design Principles of Protein Networks

A systems- and signal-oriented approach to intracellular dynamics

An assessment of systems biology - IBM

Analysis and modelling of signal transduction pathways in systems biology

Computational Challenges of Systems Biology

From molecular to modular cell biology

Fundamental issues in Systems Biology - BioEssays

Modularity and Dynamics of Cellular Networks

Molecular Systems Biology and Dynamics - An Introduction for non biologists

Molecular systems biology at the crossroads - to know less about more, or to know more about less

Network Dynamics and Cell Physiology

Network thinking in ecology and evolution

On the complete determination of biological systems

Robustness - A Key to Evolutionary Design

Schrodinger's Legacy - Systems and Life

Some new directions in control theory inspired by systems biology

Synthesis and Analysis of a Biological System - Tokyo Univ

Systems approaches to understanding cell signaling and gene regulation

Systems Biology - An Interdisciplinary Approach to Solve Complex Bio-Puzzles

Systems Biology - beyond the buzz

Systems Biology - from physiology to gene regulation

Systems Biology - The Big Picture

Systems biology - will it work?

Systems Biology Is Taking Off

Systems biology may work when we learn to understand the parts in terms of the whole

Systems Biology, Integrative Biology, Predictive Biology

The Dynamic Systems Approach to Control and Regulation of IntraCellular Networks

The frontiers and challenges of biodynamics research

The intricate side of systems biology

The long journey to a Systems Biology of neuronal function

The meaning of systems biology

The nature of systems biology

Systems biology: The reincarnation of systems theory applied in biology

The Role of Control and Systems Theory in Systems Biology

Toward Computational Systems Biology

Kitano - Computational systems biology

Biological Robustness

Biological code breaking in the 21st century

Biological context networks - a mosaic view of the interactome

Cell-free synthetic biology - a bottom-up approach to discovery by design

Circuit diagrams for biological networks

Dry work in a wet world - computation in systems biology

Engineering novel life

From systems biology to synthetic biology

Global systems biology, personalized medicine and molecular epidemiology

Integrating scientific cultures

Integrative biology and systems biology

Is there biological research beyond Systems Biology?

Modularizing gene regulation

Physics takes another stab at biological design principles

Synthetic biology - new engineering rules for an emerging discipline

Systemic determinants of gene evolution and function

The gene and the genon concept - a functional and information-theoretic analysis

The intelligent design of evolution

The Personal Genome Project

Top-down versus bottom-up—rediscovering physiology via systems biology

Towards synthesis of a minimal cell

Back to the biology in systems biology: What can we learn from biomolecular networks?

Cell signaling pathways as control modules - Complexity for simplicity

Computational Systems Biology (CSB) - Its future in Europe

Emergent Properties of Networks of Biological Signaling Pathways

Genomes, phylogeny, and evolutionary systems biology

Motifs, Control, and Stability

Multiscale biosystems integration

Reverse Engineering of Biological Complexity

The Complexity of Simplicity

The minimal genome concept

Understanding biology by reverse engineering the control

Life as Complex Systems - Viewpoint from Intra-Inter Dynamics

Feedback control theory and the challenges of postgenomic molecular biology

Molti hanno un'impronta estremamente ingegneristica (mi scuso sin da ora con coloro che troveranno questi articoli troppo tecnici) e devo dire che ho l'impressione che questa è la prima volta che sento di poter dare un contributo unico alla ricerca in questo campo.
Spero di poter approfondire questo concetto tra qualche settimana, quando avrò finito di leggere il libro!

Linux e la ricerca...quale distro? - Parte 2

2007-10-07T09:28:00.000+01:00

Discutevo, qualche giorno fa, della possibilità di utilizzare distro linux già pronte con i tool tipici della bioinformatica. Oggi leggo questo post su bioinformaticsonline.co.uk:

Log into your system and open up a terminal, then follow these steps…

> sudo gedit /etc/apt/sources.list

Add the following lines to the end of the file:

#Bio-Linux package repository deb http://envgen.nox.ac.uk/bio-linux/ unstable bio-linux

Save and close the file, now back at the terminal type the following…

> sudo apt-get update
> sudo apt-get install bio-linux-base-directories

Next step is to set-up your environment for Bio-Linux...

> sudo gedit /etc/bash.bashrc

Add the following lines to the end of the file:

# Set up Bio-Linux Environment
source /usr/local/bioinf/config_files/aliasrc
source /usr/local/bioinf/config_files/bioenvrc

Save and close the file.

Now the final stage is to edit the two files we have just referenced.

> sudo gedit /usr/local/bioinf/config_files/aliasrc

In the aliasrc file change any reference to java to the full path for your Java install, (you will need Sun’s Java development kit installed for things to work properly), and comment out (using the # symbol), the lines refering to ‘maxd’ if you do not want to have to install it. Save and close the file when you’re finished.

> sudo gedit /usr/local/bioinf/config_files/bioenvrc

In the bioenvrc file, comment out the lines referring to the Staden package if you do not want to have to install it.

Now just log out of your current user session (or reboot) and all of the Bio-Linux packages will now be waiting for you ready to be installed via synaptic or the command-line!

Non l'ho ancora provato (anche perchè dopo mesi di onorato servizio la mia feisty fawn ha deciso di abbandonarmi...va bene, è stata mia la scelta di sopprimerla ma l'ho fatto unicamente per evitarle altre sofferenze! :-D), però devo dire che l'idea mi intriga molto!

The Affymatrix

2007-10-07T09:23:00.000+01:00

Alzi la mano chi non ha visto, neanche una volta, la mitica trilogia di Matrix...ebbene, ho appena trovato la rivisitazione in chiave biologica della storia di Neo. Si chiama "The Affymatrix" ed è su youtube, ovviamente!
Eccola qui.

Matlab R2007b: ecco il nuovo Bioinformatics Toobox 3.0!

2007-10-02T06:39:00.000+01:00

Già da qualche giorno, ormai, è Mathworks ha presentato il nuovo Matlab R2007b. Si tratta della più recente versione di uno degli applicativi più usati in ambito ingengeristico ed in grado di farsi spazio anche in campi non propriamente d'elezione come la bioinformatica e la systems biology.

Nella nuova release sono state aggiunte nuove funzioni accompagnate da nuove demo molto significative, come quella sull'acquisizione e processing dei dati da aCGH (e finalmente direi!).

Mi sono messo a smanettare già l'altra sera e, finora, non mi sembra ci siano altre differenze eclatanti rispetto alla R2007a. Tuttavia, visti i trend delle ultime versioni forse è il caso di accontentarsi!
Adesso attendiamo con trepidazione venerdì prossimo, quando dovrebbe essere rilasciato uno dei competitors più importanti del settore: Bioconductor 2.1!

BioSysBio 2008 Announced!

2007-09-28T09:37:00.000+01:00

Il prossimo BioSysBio, insieme al YBF (Young Bioinformaticians Forum) si terrà il prossimo 22 Aprile allo University College di Londra. Ci si può iscrivere alla mailing list mandando un messaggio a subscribe #at# biosysbio.com.
Subito a lavoro sugli abstract! Buon lavoro a tutti!

BioSysBio 2008

It's time to make a change...

2007-09-22T07:53:00.001+01:00

Dopo una pausa di qualche giorno torno a scrivere su questo blog. Non sono stati giorni facili ma, purtroppo, sapevo che prima o poi sarebbero arrivati. E' da qualche giorno che ho in mente questa canzone dei Dream Theater: "It's time to make a change". Forse un motivo per cui non riesco a togliermela dalla testa c'è davvero.

Is it time to make the change
Are we closer than before
Can we help them break away
Are we profiting from War?
It's time to make the change

-People Screaming-
(Time for change
Fight the fear
Find the truth
Time for change)

Speriamo che passi in fretta! Nel frattempo ci pensano i Simpson a farmi morire dalle risate. Guardate questo:

Linux e la ricerca...quale distro?

2007-09-01T12:01:00.000+01:00

Qualche giorno fa ho provato ad installare alcuni degli applicativi che uso più frequentemente (R, MikTex etc) sulla mia feisty fawn casalinga (ovvero non a lavoro ... sarei ancora nominalmente in ferie :D). Ho spostato il puntatore verso synaptic e, preso da una pigrizia di quelle che capitano solo a tre giorni dalla ripresa, mi son detto: "Ma possibile che non ci sia una distribuzione con R e BioC inclusi?". Il fidato box di ricerca "G" della volpe ha fatto il resto e mi ha fatto scoprire un paio di distro davvero interessanti (leggi: "adatte al pigro più pigro che è in te!").
La prima è "Scientific Linux", nome indecifrabile per una distro firmata CERN di Gineva + Fermi Lab...ho detto tutto, anzi no: è possibile anche scaricare la versione live come per ogni distribuzione che si rispetti!
La seconda, forse ancora più adatta a chi vuole tutto e subito, anche da una live, si chiama Quantian ed è zeppa di pacchetti davvero indispensabili, tutto, ovviamente, anche live! In questa distribuzione sono presenti, oltre ad R/BioC e Lyx, anche Ostave e SciLab, due MATLAB in versione free, un gran numero di utility per la visualizzazione dei dati (gnuplot compreso), vari tool come Clustalw, Blast e, soprattutto, openMosix (che sta per chiudere :( ) la kernel patch che consente di ottenere configurazioni cluster in pochi passaggi (Knoppix, su cui Quantian si basa, integra nativamente clusterKnoppix). Davvero eccellente!
Le sto provando entrambe ma per ora Quantian sembra essere la migliore...vorrei soltanto capire perchè l'ultima release risale a più di un anno fa! :|

Creare un package in R: la guida aggiornata!

2007-08-24T20:49:00.000+01:00

Qualche giorno fa ho avuto la necessità di creare un package per R. Avevo bisogno, in particolare, di riprendere alcune funzioni di Biobase e cluster di Bioconductor per ricompilare i pacchetti clusterv e mosclust sviluppati dal Prof. Valentini dell'Università di Milano.
Non avevo mai assemblato un pacchetto da zero sino a quel momento e devo dire che reperire informazioni su come farlo non è stato molto difficile. Nel deposito ufficiale del CRAN è infatti reperibile il file Frascati-Rpackages.pdf che ho provveduto a portare sul server locale in modo che rimanga permanentemente disponibile. Nel file viene spiegato passo passo come creare un package per R da zero...l'unico problemino è che è rimasto alla versione 2.3.1 (sono attualmente disponibili le versioni 2.5.1 e 2.6-developer di R). Per questo motivo riporto qui alcune integrazioni ai punti salienti della guida.
In primo luogo è necessario scaricare Rtools pacchetto che provvede ad installare gran parte dei tool necessari alla creazione di pacchetti per (compreso Perl!). Installate il software e poi scaricate il compilatore latex MikTex, il compilatore per pagine di help di Microsoft ed il file Rd.sty.
Installate i programmi e aggiungete R alla variabile di ambiente Path (la trovate nel menù "Variabili di Ambiente" cliccando con il tasto di dx su "Risorse del Computer"-->"Proprietà"-->"Avanzate"). A questo punto, potete continuare a seguire il tutorial di cui parlavo prima dal punto 5 del paragrafo 2.
HTH :-)

Protopage...ecco il desktop web 2.0

2007-08-15T10:55:00.000+01:00

Si è fatto un gran parlare, negli ultimi mesi della "rivoluzione del web 2.0". Si tratta di un concetto nuovo che riguarda contenuti e produttività web e che estende agli utilizzatori il compito di riempire quel mega contenitore che è la rete. Qualcuno parla di "democraticizzazione del web"...io non condivido quest'ottica anche se sono convinto che un maggiore coinvolgimento degli internauti nella produzione di ciò di cui fruiscono sia un ottimo spunto di crescita comune.
A parte le chiacchiere (:-D), ho trovato questo interessante progetto: Protopage. In pratica è possibile creare una propria pagina senza bisogno di conoscere alcun linguaggio di programmazione o scripting. In più è possibile impostare la propria pagina come una vera e propria scrivania da convidere con gli altri con appuntamenti, to-do list e quant'altro...ci sono anche alcuni giochi molto simpatici. Questo è il mio modo di vedere il web 2.0: un posto in cui tutti possono condividere con gli altri idee, pensieri e, perchè no, anche il lavoro!
Questa è la pagina che ho creato: per ora non c'è molto ma vorrei farla diventare un'estensione del blog del gruppo di bioinformatica su Openwetware. A proposito, qualcuno ha notizie del prossimo BioSysBio!?! :-)

A very bad day...

2007-08-07T19:15:00.000+01:00

You had a bad day
You're taking one down
You sing a sad song
just to turn it around
You say you don't know
You tell me don't lie
You work at a smile
and you go for a ride
You had a bad day
The camera don't lie
You're coming back down
and you really don't mind
You had a bad day

Borse di studio

2007-08-04T18:45:00.000+01:00

Presso l' Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico di Bari (IRCCS "Giovanni Paolo II") sono disponibili 14 borse di studio per titoli. Tra le posizioni disponibili ci sono anche alcune riguardanti farmacologia e oncologia clinica sperimentale. Trovate tutti i particolari a questo indirizzo:

http://oncologico.bari.it/ricerca/Bando_selezione_Borse_Studio.html

Bio++: C++ bioinformatics made easy!

2007-07-28T18:19:00.000+01:00

Continua la saga dei linguaggi di programmazione per la bioinformatica e così, dopo Bio-Java, Bio-Python & Co. ecco Bio++, il set di liberie di bioinformatica per C++. A destare il mio interesse, francamente, più che il progetto in sè, è la politica di licensing scelta: CeCill.
Non mi sembra che queste librerie abbiamo funzioni che si distinguono per unicità quindi penso che sia un progetto pensato per coloro che hanno una conoscenza approfondita ma limitata al linguaggio di programmazione C++ e che non hanno tempo/voglia per imparare altri linguaggi di programmazione per i quali già esistono progetti simili.
Link

Oscar il gatto

2007-07-27T09:37:00.000+01:00

A Day in the Life of Oscar the Cat
di David M. Dosa

Oscar the Cat awakens from his nap, opening a single eye tosurvey his kingdom. He sits up and considershis next move. In the distance, a resident approaches. It is Mrs. P., who hasbeen living on the dementia unit's third floor for 3 years now.She has long forgotten her family, even though they visit heralmost daily. She glides towardOscar, pushing her walker and muttering to herself with completedisregard for her surroundings. Perturbed, Oscar watches hercarefully and, as she walks by, lets out a gentle hiss, a rattlesnake-likewarning that says "leave me alone." She passes him without aglance and continues down the hallway. Oscar is relieved. Itis not yet Mrs. P.'s time, and he wants nothing to do with her.
Oscar jumps down off the desk, relieved to be once more aloneand in control of his domain.Oscar decides tohead down the west wing first, along the way sidestepping Mr.S., who is slumped over on a couch in the hallway. With lipsslightly pursed, he snores peacefully — perhaps blissfullyunaware of where he is now living. Oscar continues down thehallway until he reaches its end and Room 310. The door is closed,so Oscar sits and waits. He has important business here.
Making his way back up the hallway, Oscar arrives at Room 313.The door is open, and he proceeds inside. Mrs. K. is restingpeacefully in her bed, her breathing steady but shallow. Sheis surrounded by photographs of her grandchildren and one fromher wedding day. Despite these keepsakes, she is alone. Oscarjumps onto her bed and again sniffs the air. He pauses to considerthe situation, and then turns around twice before curling upbeside Mrs. K.
One hour passes. Oscar waits. A nurse walks into the room tocheck on her patient. She pauses to note Oscar's presence. Concerned,she hurriedly leaves the room and returns to her desk. She grabsMrs. K.'s chart off the medical-records rack and begins to makephone calls.
Within a half hour the family starts to arrive. Chairs are broughtinto the room, where the relatives begin their vigil. The priestis called to deliver last rites. And still, Oscar has not budged,instead purring and gently nuzzling Mrs. K. A young grandsonasks his mother, "What is the cat doing here?" The mother, fightingback tears, tells him, "He is here to help Grandma get to heaven."Thirty minutes later, Mrs. K. takes her last earthly breath.With this, Oscar sits up, looks around, then departs the roomso quietly that the grieving family barely notices.

NEJM Volume 357:328-329 - July 26, 2007 Number 4

Nucleic Acid Research: web server issue

2007-07-26T19:15:00.000+01:00

E' on line la nuova issue di NAR interamente dedicata ai sistemi web based per la bioinformatica. Questi i paper più interessanti:

-Joanne A. Fox, Scott McMillan, and B. F. Francis Ouellette Conducting Research on the Web: 2007 Update for the Bioinformatics Links Directory [Abstract]

-José M. Fernández, Robert Hoffmann, and Alfonso Valencia iHOP web services [Abstract]

-Ramón Díaz-Uriarte, Andreu Alibés, Edward R. Morrissey, Andrés Cañada, Oscar M. Rueda, and Mariana L. Neves Asterias: integrated analysis of expression and aCGH data using an open-source, web-based, parallelized software suite [Abstract]

-Lucía Conde, David Montaner, Jordi Burguet-Castell, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Fátima Al-Shahrour, and Joaquín Dopazo ISACGH: a web-based environment for the analysis of Array CGH and gene expression which includes functional profiling [Abstract]

-Hubert Rehrauer, Stefan Zoller, and Ralph Schlapbach MAGMA: analysis of two-channel microarrays made easy [Abstract]

-Fátima Al-Shahrour, Pablo Minguez, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Eva Alloza, David Montaner, and Joaquín Dopazo FatiGO +: a functional profiling tool for genomic data. Integration of functional annotation, regulatory motifs and interaction data with microarray experiments [Abstract]

-Nicolas Goffard and Georg Weiller PathExpress: a web-based tool to identify relevant pathways in gene expression data [Abstract]

- Christina Backes, Andreas Keller, Jan Kuentzer, Benny Kneissl, Nicole Comtesse, Yasser A. Elnakady, Rolf Müller, Eckart Meese, and Hans-Peter Lenhof GeneTrail—advanced gene set enrichment analysis [Abstract]

-Jüri Reimand, Meelis Kull, Hedi Peterson, Jaanus Hansen, and Jaak Vilo g:Profiler—a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments [Abstract]

-Swetlana Nikolajewa, Rainer Pudimat, Michael Hiller, Matthias Platzer, and Rolf Backofen BioBayesNet: a web server for feature extraction and Bayesian network modeling of biological sequence data [Abstract]

"Big is better"? Vivere con un cervello grande come un uovo

2007-07-21T18:13:00.000+01:00

Oggi "The Lancet", una delle più importanti riviste in campo medico, ha pubblicato un articolo che sembra essere destinato a far discutere gli esperti. Il case report racconta di un paziente francese di 44 anni, che per caso ha scoperto di essere dotato di un cervello con un volume pari ad 1/10 del normale. Si tratta di un caso unico nel suo genere, soprattutto se si considera che il paziente, un normale impiegato con un quoziente intellettivo di poco al di sotto della media (75 contro i 100 di media), conduce una vita assolutamente normale insieme alla sua famiglia; l'unica patologia riscontrata durante l'anamnes è una idrocefalia in età adolescenziale che è anche la più attendibile causa della condizione asintomatica ma patologica dell'uomo.
Questo caso riapre una serie interminabile di discussioni che in passato hanno infiammato la comunità scientifica sulla correlazione tra massa cerebrale e capacità intellettive. Sebbene molti scienziati abbiano a lungo sostenuto che l'evoluzione delle facoltà intellettive dell'uomo sia quasi unicamente da imputare all'aumento incessante del volume della scatola cranica, più volte tale tesi è stata messa in dubbio utilizzando esempi più o meno significativi.
Il caso dell'impiegato francese, tuttavia, non mette in crisi soltanto medici e biologi, ma anche tutti coloro che, nella comunità dell'IA hanno sempre sostenuto che sistemi in grado di imitare fedelmente il comportamento umano devono essere, per forza di cose, enormemente complessi. E' tuttavia vero che negli ultimi anni, anche nel campo delle reti neurali, si è andata sempre più affermando la teoria per cui più che le dimensioni del sistema, quello che conta è il grado di interconnessione che lo caratterizza. Questo nuovo ed interessante caso potrebbe essere una ulteriore conferma alla tesi di cui sopra.

(mini)Album di un matrimonio speciale!

2007-07-19T06:49:00.000+01:00

x Domenico e Valentina! Ancora un milione di milione di auguri!!!

Data mining contro l'ALS

2007-07-13T07:20:00.000+01:00

Girovagando per il web ho trovato questo articolo che ha suscitato il mio interesse:

http://www.medicalnewstoday.com/medicalnews.php?newsid=75539

si tratta di una interessante analisi di come una collaborazione tra UCLA e l'Università di Firenze abbia portato a risultati di rilievo scientifico e soprattutto utili nella lotta contro la sclerosi laterale amiotrofica, una malattia neurodegenerativa con un impatto sociale piuttosto alto. Un altro bell'esempio di come un modelling predittivo intelligente possa essere applicato con successo nella ricerca sulle malattie più difficili da curare.

La quiete dopo la tempesta

2007-07-07T21:24:00.000+01:00

E' stato un periodo davvero colmo di impegni ma per fortuna ne sono uscito (quasi) indenne! Il capitolo del libro è ultimato e lo sviluppo id jvonci procede speditamente...probabilmente riusciremo a rispettare tutte le milestones (o almeno lo spero). Che dire? Mi godo questo week end prima di ributtarmi nella mischia!

Slide-show accattivanti

2007-06-23T12:17:00.000+01:00

Su Vuvox è possibile iscriversi e creare slide-show, in stile web 2.0, con foto e video dall'effetto estetico davvero accattivante. Davvero un bel servizio!

Il capitolo del libro che non c'è!

2007-06-17T19:16:00.000+01:00

Sto cercando ormai da due settimane di sedermi a pensare al capitolo del libro che devo scrivere per questo volume. La deadline si avvicina e siamo ancora in alto mare...bah! Non so se ci riuscirò ma nel caso penso che dopo mi prenderò una bella vancanza visto che lo stress sta raggiungendo soglie mai raggiunte prima!

G-Language: ecco il linguaggio dei bionformatici

2007-06-14T21:47:00.000+01:00

E' stato annunciato da poche ore il rilascio di G-Language, il linguaggio di per bioinformatici. Proprio qualche giorno fa discutevamo, sul blog di fuliggians, della necessità per un bioinformatico, di conoscere un linguaggio piuttosto che un altro. Non ho ancora visto all'opera G però devo dire che stuzzica la mia curiosità!