Il segno dell'incapacità

Torno a scrivere su questo blog dopo qualche settimana per riflettere su una notizia letta questa mattina sul Corriere. Eccola.

Italia.it, costoso e... chiuso

Scritto da: Federico Cella alle 19:31

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Mi segnala un collega del Corriere del Mezzogiorno che questa mattina è andato in pensione superanticipata il portale Italia.it, inaugurato dal vicepremier Francesco Rutelli poco più di un anno fa e costato la spaventosa cifra di 45 milioni di euro. Per costi elevati e scarsissimi risultati, il ministro per i Beni culturali aveva già annunciato quest'autunno il rischio di fallimento. E ora il rischio è diventato realtà, in silenzio e senza alcuna agenzia stampa a darne notizia. Grazie ai colleghi di Napoli!

L'ennesimo spreco assurdo e spropositato di denaro pubblico che poteva essere destinato ad aiutare qualcuno di quegli italiani che, proprio in questi giorni, apprendiamo non essere in grado di arrivare a fine mese. Ma del resto lo sappiamo, c'est l'Italie...fino a quando qualcuno non ne potrà più davvero.

Il segno dell'inciviltà

Ieri ero a casa all'ora di pranzo. Non succede spesso e in quelle rare occasioni sento l'intimo desiderio di godermi la pace del luogo in cui sono cresciuto respingendo tutto ciò che viene dall'esterno. Ieri ero dunque sul punto di spegnere la TV, all'ora di pranzo, quando ad un certo punto, ho sentito qualcosa che mi ha fatto rabbrividire.
Riporto la notizia da Forum Italia News:

Funerali gratis ai donatori d'organi

Per l'assessore regionale alla Sanita' della Regione Campania, Angelo Montemarano, l'iniziativa del sindaco di Nola, Felice Napolitano, che per incentivare la donazione di organi ha previsto funerali e sepoltura gratis per chi faccia questa scelta ''e' apprezzabile e concreta, un segnale molto forte per scuotere le coscienze''. ''E' una novita', un'iniziativa apprezzabile - aggiunge Montemarano - e credo che si muova nella linea di stimolare il concetto di donazione che, seppure aumentato, non e' ancora sufficiente in Campania''. Con questo provvedimento, insomma, si vogliono ''stimolare quanto piu' possibile le coscienze''. In Campania qualcosa si era gia' mosso. Insieme con le campagne di sensibilizzazione, spiega l'assessore, e' stato previsto che agli extracomunitari che facciano la scelta di donare gli organi venga assicurato il trasporto gratuito della salma nel Paese di origine. ''Ma questo - ammette Montemarano - e' proprio una novita'''.

Già da qualche giorno riflettevo sul fatto che in questi ultimi anni ho visto la civiltà svanire come in una sorta di nebbia soffocante. Non ci chiediamo più quali potrebbero essere gli effetti delle nostre azioni, agiamo e basta nella consapevolezza che tanto, chi sbaglia, comunque verrà perdonato (e poco importa che sia un indulto, un condono o il prossimo giubileo).
Non mi interessa entrare nel merito della discussione morale: non sono un buon filosofo, nè mi interessa diventarlo. Vorrei solo riflettere, e che magari qualcuno prendesse spunto dalle mie riflessioni, sul fatto che è quantomeno indegno anche soltanto poter pensare di concepire un'idea come quella dell'illuminatissimo Sindaco di Nola. L'atto di donazione degli organi non dovrebbe scaturire da una materialissima constatazione economica, bensì da un percorso interiore. Ridurre tutto ciò ad un a pratica di tipo utilitaristico è quanto di più distante dalla civiltà possa essere compiuto da chi, della civiltà, è tenuto a reggere il vessillo.
Mi viene in mente solo una parola per tutto ciò: vergogna. Vergogna, per delle persone che hanno perso il senso della vita umana. Vergogna di tutti noi, per appartenere alla loro stessa specie.

Prove tecniche di trasmissione

Oggi ho finalmente deciso di importare questo blog anche in wordpress. Ho scelto di farlo anche spinto dall'enorme supporto che questa piattaforma sta avendo dalla comunità di sviluppatori...speriamo che vada tutto per il verso giusto (anche se non ho ancora capito: ma come si installano i plugin!?!? Dall'olio, Dario...dove siete!?!? :D )
Credo, in ogni caso, che non abbandonerò questo blog e che lo terrò per le questioni più leggere...e, soprattutto, qui continuerò a scrivere in italiano!

Risorse su Systems Biology

Già da qualche tempo, ormai, anche grazie al sapiente consiglio del mio amico Domenico, mi sono accostato al magnifico mondo della Systems Biology. Non ho mai pensato a questi studi come ad un cambiamento di rotta, bensì, come ad un modo molto più "smart" di approcciarsi al problema dell'indagine e l'interpretazione di dinamiche complesse come quelle che danno luogo alle patologie per cui non esistono ancora piani di trattamento definitivi.
Sto leggendo da qualche settimana il libro di Palsson "Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks" e devo dire che mi sta piacendo molto (se non fosse per le tonnellate di nozioni di biochimica che ogni volta devo andare a rivedere!).
Tuttavia, proprio oggi, alla ricerca di nuovo materiale sulle reaction chains ho trovato alcuni link che sto trovando molto utili e che spero possano essere utili anche ai miei lettori!
Ve li riporto di seguito:

WTEC Study on International Research and Development of Systems Biology

Feedback dynamics and cell function - Why systems biology is called Systems Biology

Systems Biology: A Brief Overview

Can a Biologist Fix a Radio? — or, What I Learned while Studying Apoptosis

BOOK - Olaf Wolkenhauer - Systems Biology: Dynamic Pathway Modelling

Bioengineering and Systems Biology

Analyzing the Biology on the System Level - wei tong

Wolkenhauer-Kitano An Introduction to Systems Biology

A reductionist’s systems biology

Biological Networks- The Tinkerer as an Engineer

Simplicity in Cell Biology

Design Principles of Protein Networks

A systems- and signal-oriented approach to intracellular dynamics

An assessment of systems biology - IBM

Analysis and modelling of signal transduction pathways in systems biology

Computational Challenges of Systems Biology

From molecular to modular cell biology

Fundamental issues in Systems Biology - BioEssays

Modularity and Dynamics of Cellular Networks

Molecular Systems Biology and Dynamics - An Introduction for non biologists

Molecular systems biology at the crossroads - to know less about more, or to know more about less

Network Dynamics and Cell Physiology

Network thinking in ecology and evolution

On the complete determination of biological systems

Robustness - A Key to Evolutionary Design

Schrodinger's Legacy - Systems and Life

Some new directions in control theory inspired by systems biology

Synthesis and Analysis of a Biological System - Tokyo Univ

Systems approaches to understanding cell signaling and gene regulation

Systems Biology - An Interdisciplinary Approach to Solve Complex Bio-Puzzles

Systems Biology - beyond the buzz

Systems Biology - from physiology to gene regulation

Systems Biology - The Big Picture

Systems biology - will it work?

Systems Biology Is Taking Off

Systems biology may work when we learn to understand the parts in terms of the whole

Systems Biology, Integrative Biology, Predictive Biology

The Dynamic Systems Approach to Control and Regulation of IntraCellular Networks

The frontiers and challenges of biodynamics research

The intricate side of systems biology

The long journey to a Systems Biology of neuronal function

The meaning of systems biology

The nature of systems biology

Systems biology: The reincarnation of systems theory applied in biology

The Role of Control and Systems Theory in Systems Biology

Toward Computational Systems Biology

Kitano - Computational systems biology

Biological Robustness

Biological code breaking in the 21st century

Biological context networks - a mosaic view of the interactome

Cell-free synthetic biology - a bottom-up approach to discovery by design

Circuit diagrams for biological networks

Dry work in a wet world - computation in systems biology

Engineering novel life

From systems biology to synthetic biology

Global systems biology, personalized medicine and molecular epidemiology

Integrating scientific cultures

Integrative biology and systems biology

Is there biological research beyond Systems Biology?

Modularizing gene regulation

Physics takes another stab at biological design principles

Synthetic biology - new engineering rules for an emerging discipline

Systemic determinants of gene evolution and function

The gene and the genon concept - a functional and information-theoretic analysis

The intelligent design of evolution

The Personal Genome Project

Top-down versus bottom-up—rediscovering physiology via systems biology

Towards synthesis of a minimal cell

Back to the biology in systems biology: What can we learn from biomolecular networks?

Cell signaling pathways as control modules - Complexity for simplicity

Computational Systems Biology (CSB) - Its future in Europe

Emergent Properties of Networks of Biological Signaling Pathways

Genomes, phylogeny, and evolutionary systems biology

Motifs, Control, and Stability

Multiscale biosystems integration

Reverse Engineering of Biological Complexity

The Complexity of Simplicity

The minimal genome concept

Understanding biology by reverse engineering the control

Life as Complex Systems - Viewpoint from Intra-Inter Dynamics

Feedback control theory and the challenges of postgenomic molecular biology

Molti hanno un'impronta estremamente ingegneristica (mi scuso sin da ora con coloro che troveranno questi articoli troppo tecnici) e devo dire che ho l'impressione che questa è la prima volta che sento di poter dare un contributo unico alla ricerca in questo campo.
Spero di poter approfondire questo concetto tra qualche settimana, quando avrò finito di leggere il libro!

Linux e la ricerca...quale distro? - Parte 2

Discutevo, qualche giorno fa, della possibilità di utilizzare distro linux già pronte con i tool tipici della bioinformatica. Oggi leggo questo post su bioinformaticsonline.co.uk:

Log into your system and open up a terminal, then follow these steps…

> sudo gedit /etc/apt/sources.list

Add the following lines to the end of the file:

#Bio-Linux package repository deb http://envgen.nox.ac.uk/bio-linux/ unstable bio-linux

Save and close the file, now back at the terminal type the following…

> sudo apt-get update
> sudo apt-get install bio-linux-base-directories

Next step is to set-up your environment for Bio-Linux...

> sudo gedit /etc/bash.bashrc

Add the following lines to the end of the file:

# Set up Bio-Linux Environment
source /usr/local/bioinf/config_files/aliasrc
source /usr/local/bioinf/config_files/bioenvrc

Save and close the file.

Now the final stage is to edit the two files we have just referenced.

> sudo gedit /usr/local/bioinf/config_files/aliasrc

In the aliasrc file change any reference to java to the full path for your Java install, (you will need Sun’s Java development kit installed for things to work properly), and comment out (using the # symbol), the lines refering to ‘maxd’ if you do not want to have to install it. Save and close the file when you’re finished.

> sudo gedit /usr/local/bioinf/config_files/bioenvrc

In the bioenvrc file, comment out the lines referring to the Staden package if you do not want to have to install it.

Now just log out of your current user session (or reboot) and all of the Bio-Linux packages will now be waiting for you ready to be installed via synaptic or the command-line!

Non l'ho ancora provato (anche perchè dopo mesi di onorato servizio la mia feisty fawn ha deciso di abbandonarmi...va bene, è stata mia la scelta di sopprimerla ma l'ho fatto unicamente per evitarle altre sofferenze! :-D), però devo dire che l'idea mi intriga molto!

The Affymatrix

Alzi la mano chi non ha visto, neanche una volta, la mitica trilogia di Matrix...ebbene, ho appena trovato la rivisitazione in chiave biologica della storia di Neo. Si chiama "The Affymatrix" ed è su youtube, ovviamente!
Eccola qui.

Matlab R2007b: ecco il nuovo Bioinformatics Toobox 3.0!

Già da qualche giorno, ormai, è Mathworks ha presentato il nuovo Matlab R2007b. Si tratta della più recente versione di uno degli applicativi più usati in ambito ingengeristico ed in grado di farsi spazio anche in campi non propriamente d'elezione come la bioinformatica e la systems biology.


Nella nuova release sono state aggiunte nuove funzioni accompagnate da nuove demo molto significative, come quella sull'acquisizione e processing dei dati da aCGH (e finalmente direi!).


Mi sono messo a smanettare già l'altra sera e, finora, non mi sembra ci siano altre differenze eclatanti rispetto alla R2007a. Tuttavia, visti i trend delle ultime versioni forse è il caso di accontentarsi!
Adesso attendiamo con trepidazione venerdì prossimo, quando dovrebbe essere rilasciato uno dei competitors più importanti del settore: Bioconductor 2.1!